La microfotografia con microscopio ottico non richiede particolari accorgimenti, se non la conoscenza della T° di colore della fonte di illuminazione utilizzata. Vetrini biologici e/o sezioni sottili geologiche, essendo soggetti bidimensionali, vengono illuminati per trasmissione da una lampada a luce artificiale a basso voltaggio, per cui si userà una pellicola tarata per luce artificiale, oppure si dovrà filtrare l'illuminazione con un filtro di conversione (in gelatina, da ritagliare). I soggetti tridimensionali vanno invece fotografati con un microscopio stereoscopico, dotato di piccoli neon o faretti a basso voltaggio o fibre ottiche. Generalmente, l'esposizione suggerita dalla fotocamera sarà corretta. Un buon microscopio disporrà anche di diaframma, a meno che esso non sia già presente sul raccordo fotografico. Esistono vari accessori, come oculari fotografici a vari ingrandimenti, obiettivi, filtri, illuminatori, bracci flessibili, ecc. Gli ingrandimenti si determinano moltiplicando il potere di ingrandimento dell'obiettivo per quello dell'oculare.

La microfotografia elettronica, a fronte della perdita della registrazione dei colori, permette ingrandimenti estremamente elevati con il mantenimento della profondità di campo. L'immagine è infatti una elaborazione elettronica del segnale portato dagli elettroni sparati sul soggetto e da esso raccolti da un rivelatore. I sogetti non conduttori devono essere rivestiti di uno strato d'oro o di grafite (metallizzazione per evaporazione), che produce immagini monocromatiche; questo trattamento si può applicare a oggetti precedentemente disidratati e capaci di sopportare il vuoto nella camera portacampione. Possono essere raggiunte le centinaia di migliaia di ingrandimenti. I microscopi elettronici possono essere di due tipi fondamentali: a trasmissione e a scansione. I primi permettono l'osservazione di preparati sottili, metre i secondi accettano preparati massivi. Le immagini da elettroni possono rivelare caratteri topografico-morfologici (immagini da elettroni secondari) o differenze di densità, basate sulla presenza di elementi chimici differenti (immagini da elettroni retrodiffusi).